Nel paese si affronta ora la fase più delicata della transizione verso una pace duratura e un assetto istituzionale rappresentativo dell'intera comunità nazionale.

L'altissimo numero di rifugiati rientrati tra la fine del 2001 ed oggi, è un indicatore significativo della fiducia della popolazione in un processo di reintegrazione e riconciliazione che prosegue nonostante le numerose difficoltà.
Il fenomeno mediatico della guerra in Iraq ha spostato quasi completamente l'attenzione dell'opinione pubblica internazionale dal paese e dalle sua vicende che rimangono tuttora incerte. Ancora incerto, del resto, è anche il volume di finanziamenti internazionale diretti al paese nel passaggio dalla fase d'emergenza post-conflitto a quella di medio/lungo periodo dello sviluppo.

In questo contesto la presenza continuativa degli operatori umanitari è quanto mai importante e riconosciuta sia in supporto al processo di reintegrazione che in appoggio alla popolazione delle aree più disagiate ed alle istituzioni locali.

La presenza di Alisei in Afghanistan è consolidata da oltre un anno.

A seguito della guerra, Alisei ha ritenuto di dover rientare nel paese nel gennaio 2002, ristabilendo la sua presenza nella Western Region (Herat city e Provincia di Badghis) dove era stata forzatamente interrotta 3 anni prima.
Nei mesi recenti Alisei ha consolidato la propria presenza con l'apertura di tre nuovi uffici: Kabul, Gulistan e Purchaman (Provincia di Farah).